Para avaliarmos a influência biológica na homossexualidade, precisamos entender o processo intra-útero que influencia as diferenças sexuais. Um gene no cromossomo Y( que determina o sexo masculino) direciona a produção de um fator que induz a formação dos testículos em bebês do sexo masculino. Os testículos liberam testosterona para promover a masculinização do cérebro e dos órgãos sexuais e outros hormônios para suprimir o desenvolvimento de órgãos sexuais femininos. Antes do nascimento, os hormônios organizam regiões cerebrais importantes para o comportamento sexual adulto. Esses comportamentos só serão ativados mais tarde , na puberdade. O hipotálamo é a região cerebral que regula o comportamento sexual, bem como outras funções vitais básicas, como a temperatura corporal e a ingestão de alimentos e água. Os hormônios sexuais influenciam também outras regiões cerebrais, como o núcleo do corpo amigdaliano, que regula a excitação sexual masculina, outras regiões responsivas à vasopressina, importante na criação de vínculos afetivos entre casais.
Evidências de pesquisa indicam que a homossexualidade nasce com a pessoa, apesar de ser menos evidente no caso de lésbicas. A homossexualidade tem um componente hereditário significativo em estudos com gêmeos e também sofre influência ambientais maternas no período gestacional. O comportamento homossexual demonstra ser herdado e não aprendido.
Em crianças femininas com transtornos do desenvolvimento sexual que foram expostas a hormônios masculinos pré-natais( por aumento congênito da glândula adrenal), há uma masculinização cerebral e da genitália também. Mesmo após correção depois do nascimento, essas mulheres mantêm uma tendência maior a ter fantasias e experiências sexuais com pessoas do mesmo sexo do que mulheres normais. Filhas de mulheres que tiveram contato com um medicamento abortivo( dietilestilbestrol), também agente masculinizante, apresentaram maior tendência a sentir atração por outras mulheres, mesmo com genitália externa normal. Por outro lado, meninos com insensibilidade ao androgênio( hormônio masculino) por defeito genético no receptor da testosterona desenvolvem atração por homens, indicando que a atração por mulheres necessita de masculinização pré-natal do cérebro por hormônios. Esses meninos não desenvolvem a genitália externa e são criados como meninas, apesar do sexo genético ser masculino( XY).
Uma região cerebral estudada é o terceiro núcleo instersticial do hipotálamo, que é, em média, duas vezes maior no homem que na mulher. Dois estudos revelaram que no cerebro de gays essa região é praticamente do mesmo tamanho que no cérebro de mulheres.
Outros estudos demonstram que a existência de um irmão mais velho aumenta a probabilidade de um bebê do sexo masculino ser gay em 33%. Os gays representam 2,5 % da população. Se houver um irmão mais velho esse percentual sobe para 3,3%, se houver dois irmãos mais velhos, o percentual sobe para 4,2%. Essa ordem afeta homossexuais masculinos, mas não as lésbicas.
A explicação científica está ainda incompleta, mas parece se relacionar com algum anticorpo produzido pelo primeiro bebê contra algum fator produzido pelos homens, suprimindo esse fator nas gestações subsequentes. Parece que o efeito não é ambiental e sim cerebral, pois irmãos criados separadamente não modificam essa estatística.
O cérebro sexual exerce um efeito significativo sobre a preferência sexual do indivíduo adulto, mesmo que outros fatores sociais e psicológicas atuem no plano biológico básico, formado intra-útero.